想做Luciferase、点突变、截短、ChIP，不知如何入门，转录因子与promoter结合位点不知道怎么找？看完这篇文章轻松拿下~

 

基础知识：

启动子（promoter）：与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。一般选择CDS区上游2 kb。

UTR（Untranslated Regions)：即非翻译区，是信使RNA（mRNA）分子编码区(CDS)两端的非编码片段。

5'UTR: 从mRNA起点的甲基化鸟苷酸帽延伸至AUG起始密码子，3'UTR: 从编码区末端的终止密码子(UAG, UAA, UGA)延伸至PolyA尾。

 

 

一、查找基因的启动子区域

1. 打开NCBI：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

2.选取【Gene】，在旁边输入IL17A，点search，根据物种进行选择，我们以人源[Homo sapiens (human)]为例

 

3. 下拉至下图位置，可以看到这个基因的信息：

 

点Tools，选择Sequence Text View，还可以看到序列信息：

 

4. 上面的部分只是该基因的一些信息，可以用来查找相应的UTR等区域，接下来我们进入正题，寻找promoter区域。把网页拉到如下图位置，点击FASTA：

 

5. 基因位置信息如下图：

 

6. 一般认为：基因上游2 kb区域为该基因的promoter区域，所以我们将基因上游的2 kb序列先调出来：

复制上述序列，这就是基因的启动子序列了。

 

二、转录因子结合位点的预测

1.打开网址：https://jaspar.genereg.net/，在搜索框里输入转录因子NFAT，点击Search：

 

2.选择一个或多个ID文件，在SCAN序列框中输入FASTA格式文件（注意包括＞后面的信息）

 

3. 得到27条转录因子NFAT与IL17A的结合位点，Strand -没有特殊意义，选择Strand +即可。JASPAR数据库检索出的结合位点来源于已发表的ChIP实验等，主要特点是开源、非冗余和高质量。

 

4. 好了，转录因子与promoter结合位点已经有了，接下来就是愉快的实验验证了！ Luciferase、点突变、截短、ChIP等统统拉上来就可以了！

 

 

参考https://www.sohu.com/a/372441469_120325361

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