“神交”的本义是与神灵结交，出自《汉书·叙传·答宾戏》：“殷说梦发于傅岩，周望兆于动渭滨，齐宁激声于康衢，汉良受书于邳沂，皆俟命而神交，匪词言之所信”。
这段话的意思是说：殷代的传说是由于武丁的梦境而在傅岩之野被访到，周代的吕望是由于文王的占卜而在渭水之滨被访到，齐国的宁戚是由于激声在康衢被访到，汉代的张良是在下邳接受兵书，这都是待命而与神灵相结交，不是凭彼此谈得投机而结交”。
后来，用“神交”来指代情投意合，相知有素，不可动摇的友谊。《三国志·吴书·诸葛瑾传》中，写到孙权谈自己和诸葛瑾的相交时，提到了“神交”一词。事情是这样的：诸葛瑾在南郡时，有人散步污蔑诸葛瑾的言论，这些谗言在外面颇能蛊惑人心。
陆逊上表保奏，说明诸葛瑾决没有这种事，应该消除对他的顾虑。孙权接到陆逊的上表后，答复说：“子瑜与孤从事积年，恩如骨肉，深相明究……孤前得妄语文疏，即封示子瑜……孤与子瑜可谓神交，非外言所闻也。知卿意至，辄封来表，以示子瑜，使知卿意”。
从孙权对陆逊上表的批复，可知孙权所谓的“神交”具有以下要点：一是二人共事多年，恩情如同骨肉，彼此了解得很透彻。二是彼此绝无疑虑，如果听到了离间之词，会立刻告诉对方；听到好听表扬的话，也会告诉对方，两个人的友谊不可动摇。
再后来，“神交”还有一种解释，又以尚未见面而仰慕其人而引为“神交”，如《儒林外史·十七》：“可惜有位牛布衣，只是神交，未曾会面”即是。