1644年，明朝山海关总兵吴三桂投降清国，引兵入关，清兵占领北京。同年十月，福临在北京即皇帝位，以次年为顺治元年。清兵入关以后，遭到汉族军民的强烈抵抗，清兵恼羞成怒，展开了残酷的屠杀，以“扬州十日”、“江阴三日”、“嘉定三屠”三役最为著名。
清兵转战烧杀37年，方才初步平定中国中国人口从明天启三年的5165万减至顺治十七年的1900万，净减三分之二！整个中国“县无完村，村无完家，家无完人，人无完妇”。大明有思想、敢反抗的忠勇之士几被杀尽，留下的是大抵顺服的“奴才”。鲁迅先生说：“满清杀尽了汉人的骨气廉耻。”
明代中国人口，最后的全国官方统计，为5165万人，时间为明光宗泰昌元年。（明熹宗实录卷4）
满清最初的全国人口统计，为1063万人（减少了4000多万），时间为清世祖顺治八年（清实录世祖卷61）。
而在满清控制全国后的清圣祖康熙二十一年（1682年，入关后第48年），全国人口也只有1943万人。仅相当于明光宗泰昌元年人口的36％！
以上人口数字，因为当时是按人口缴税，因此人口被大量隐瞒。很多学者认为，明代实际人口，大约在1亿到2亿。即使说清初也存在同样的人口瞒报现象，估计满清入关后，人口的减少，最少也有5000万人（这是一个极端保守的估计）！如果再考虑人口出生的因素，在满清入关后，中国人口损失的总数，很可能是一个大大超过5000万的惊人的天文数字！！人口减员超过1亿的可能性，也是存在的。
江阴三日
扬州失守后不久，南明弘光政权灭亡，清军迅速占领江南各地。1645年6月，清廷颁布“留发不留头，留头不留发”的“剃发令”，强令汉族人民剃发、蓄辫，极大地伤害了汉人的民族自尊心，引起强烈反抗。
六月上旬，清朝委派的江阴知县方亨在江阴城发布“剃发令”。江阴人民群情激愤，10余万人召开集会，宣告：“头可断，发决不可剃！”集会群众杀掉知县方亨，推举本县主簿陈明遇与前任典史阎应元为领袖，揭起抗清义旗。阎应元迅速组织起一支坚强的抗清队伍，他们修缮城池，制造武器，征集军需，加强防守，作好了充分的准备。
不久，清军大集，重兵围困江阴城。七月初，清兵重炮猛轰，万弩齐发，蜂拥攻城，均为守城军民击退。清军派明朝降将刘良佐劝降，阎应元慨然答复：“有降将军，无降典史！”八月二十日，江阴城内弹尽粮绝，清军又以大炮轰破城门，才得攻入城内。陈明遇、阎应元壮烈牺牲。
江阴人民抗击清军80天，击败清军三十万大军，杀死清兵七万五千人，使清廷三位王爷和十八员大将丧命于江阴城下，在中国历史上写下了可歌可泣的一页。清军痛恨江阴人民的顽强抵抗，屠城三日。全城人民均以先死为荣，无一人投降。三日之内，十七万余人被杀，仅老幼53人幸免于难。史称“江阴三日”。
嘉定三屠
与江阴同时，清朝知县张维熙在嘉定执行剃发令。城内外人民不约而同地起兵，赶走了张维熙，并推举士绅黄淳耀、侯峒曾为首主持大计，共拒清兵。
黄、侯等人纠合义兵，整饬编练，称为“嘉定恢剿义师”，坚守嘉定。清军攻城，嘉定义军困守孤城10余天，终因连天大雨，城墙倾塌，被清军攻入城内。黄、侯等人自杀殉国，清兵屠杀城内百姓二万余人。不久，义士朱瑛乘清军退出嘉定，重新入城，重兴义旅，再度举起抗清大旗。清兵进攻，嘉定再次为清军所破，城中百姓又一次遭到惨酷的屠杀。二十天后，明军将领吴之藩反攻嘉定，无功而返。清军迁怒于嘉定百姓，又进行了第三次大屠杀。
清廷统治者一遇抵抗，破城得地之后不分军民，不论参与抵抗或未参与抵抗，通通屠杀或掠取为奴婢。顺治二年四月清廷遣兵南下，即大肆屠戮汉人，演出了一幕幕惨绝人寰的屠城悲剧。多尔衮曾代表满洲贵族发布“屠城令”，并带领大军血洗江南、岭南。屠江阴、屠昆山、屠嘉兴、屠常熟、屠海宁、屠广州、屠赣州等等，甚至勾结荷兰殖民者，攻屠厦门。当时清军几乎将四川人杀绝，后来不得不“湖广填四川”，大移民。
扬州十日
1645年4月，清军围攻扬州，督师史可法固守孤城。清军乘机诱降，史可法严词拒绝。清军主帅多铎先后五次致书，史可法都不启封缄。清军攻城，史可法率军民浴血而战，历七昼夜。25日城破，军民逐巷奋战，大部分壮烈牺牲。清军纵兵屠戮，“十日不封刀”，八十多万汉人惨遭杀害。城破时史可法被俘，多铎劝他归降，史可法大义凛然：“我中国男儿，安肯苟活！城存我存，城亡我亡！我头可断而志不可屈！”英勇就义。