特区与副省级城市的设置目的差异决定了不同城市的选择。
一、特区偏重经济改革与对外开放
改革开放伊始，中国的经济笼罩在计划经济的阴影中，急需注入新生力量迅速激活。
而能够在最短时间内实现这种逆袭的境外力量，非南洋华侨莫属。当时马来西亚、泰国、印尼以及港澳等地的华人华侨，主要为闽南人、广府人、潮汕人、客家人和海南人，故而中央选择在这些民系籍贯地设置特区以吸收华人外资注入，是有可能的。
其中闽南选择厦门，潮汕为汕头，此二者同时也是华侨出洋的主要起始港;广府选择珠海，客家为深圳，此两者的设置也考虑到港澳比邻的地理优势。因海南华人华侨人数较以上四个民系要少许多，故在一开始并未设置。
二、副省级市除了经济考量外还有大局的影响
副省级城市的设定源自计划单列市，除了要考虑地域经济的发展外，还兼顾区域协调、平衡和国家战略。
显然在广东的三个特区必然不可能同时升格为副省级，否则广东将显得特别突出。在权衡之下必须有所取舍，先比深圳和珠海，二者处于珠江东西两岸，以香港和澳门体量和辐射能力看，深圳应优先于珠海，故先排除珠海。
从当时中国的统一路线看，无非是港澳台三处，香港和澳门太近，择一即可，而台湾孤悬海外，必须有一处作为对台桥头堡，起经济和文化纽带作用。这其中最好的选择无非厦漳泉三市，当时的台湾有七成以上人口祖籍在闽南，结合当时各市的地位，厦门是最佳选择，毕竟厦门也曾经是台湾府时代的道台驻地，故厦门可被选为副省级。
同时再回看汕头，介于深圳与厦门之间，如再设置或许过于稠密，以每省副省级不多于两个考量，汕头也只好放弃了。