相较于此前朝代，明朝的权力架构和朝廷运作可谓别具一格，且实际效果极为明显，即使皇帝不理朝政，凭借成熟的运作体系，朝廷仍能持续良好运作。弊端则是皇帝一定程度上被架空，这也是明朝皇帝与大臣关系紧张的一个重要原因。要知道明朝的政府运作方式，我们大致可以从中央、地方两个方面来进行探讨。
中央：别具一格的票拟制度
明朝最初设有中书省，设立左、右丞相，然而在洪武十三年（1380年）的胡惟庸案之后，明太祖朱元璋废除了中书省和丞相，将中书省职权归于六部，而六部则直接向皇帝负责。如此一来皇权的确得到了高度集中，但皇帝的工作量却骤然加大，为了应对繁琐的朝廷事务，内阁制度应运而生。
内阁制度下，皇帝牢牢掌握着决策权，而内阁则拥有议政权，六部则掌握着行政权。内阁便相当于皇帝的秘书处或者幕僚，他们只负责提供可行性建议，然后由皇帝拍板决定，之后交由六部进行执行。
凡是朝廷的重要文书，先由内阁负责拟定几条意见，以笔墨写于票签上，然后呈送皇帝批准，这个过程便被称为票拟。其实，内阁的“票拟”就是给皇帝提供参考的初步意见，只是省却了皇帝查访和思考的过程罢了，最后拍板的仍然是皇帝的“朱批”。因此，内阁权力的大小和地位的高低，最初表现在“票拟”被采纳的程度上，即决定于皇帝对内阁成员的信任程度。
直到仁宣年间，明仁宗朱高炽因杨士奇、杨荣等乃是东宫旧臣，两人不仅得以进入内阁，而且均兼有尚书职位，自此内阁权力开始加重，从幕后开始走向台前。明代宗朱祁钰的景泰年间，王文以左都御史进吏部尚书后进入内阁，自此之后，诰敕房、制敕房俱设中书舍人，六部承奉意旨，内阁权力更大。虽然在明英宗朱祁镇末年时有所反复，但在成化、弘治年间内阁权力再度开始加重，开始成为对抗皇权的文官集团代表。
明朝宦官权力的增大，同样与这种运行体系密切相关。虽说票拟制度已经大大降低了皇帝的工作量，但事实证明批阅大量奏章同样是一个人难以办到的，于是经过内书堂训练的宦官开始代替皇帝批红，这便是司礼监秉笔太监。此后皇帝每天除了御笔朱批部分奏章外，其余皆由众太监分批，这使得宦官权力开始加重。
内阁的发展
地方：三权分立
明初沿用元朝的行省制，洪武九年（1376年）设立承宣布政使司，设左右布政使各一人，主管一省行政。此外，又设提刑按察司，设按察使一人，主管一省的刑名、诉讼事务，同时也是中央监察机关都察院在地方的分支机构，对地方官员具有监察权。另有都指挥使司，设都指挥使，为一省军事总机构。如此一来，地方便实现了军、政、法三权分立，三方互相配合又互相牵制。
承宣布政使司：这是明朝一级行政区的管理部门，主要负责四项职责。一是承宣政令，也就是承接上级指派的政务和法令，将其宣达到各府、州、县，并确保贯彻实施到位。二是管理属官，也就是管理辖区内的府、州、县等各级官员，定期发放俸禄、考核政绩，并将结果上报。三是掌控财赋，负责征收各省各地的赋税，并负责本省财政收支，统计全省各府户籍、税役、民数、田数等民事内容。四是地方科举，按期组织地方乡试，为朝廷选拔人才。
提刑按察司：主管一省的司法，主要负责两项职责。一是刑名按劾，也就是负责对各府、州、县的案件审判结果进行勘劾，并将结果上报刑部。二是监察官员，作为都察院在地方的分支机构，提刑按察司也具有对地方各级官员的监察职责，并将监察情况上报都察院。
都指挥使司：这是平时地方的最高军事领导机构，负责管理辖区内的所有卫所官兵和各级将领，但同时又隶属于中央的五军都督府，并听命于兵部。
此外，自宣德年间开始出现临时任制、军事性质的总督或巡抚，不过在没有特别授权的情况下，不得干涉布政使、按察使的职权。
除了以上之外，明朝军事方面采用内外分置的方式，内地各省分别设有卫所，而边疆则设立边镇。监察体系除了地方的提刑按察司之外，都察院也会向各地派出巡查御史。此外，厂卫制度也是明朝的一大特点，主要担负监察、情报工作，因直接向皇帝负责，故而权势极重。
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