Dr.贝加庞克一直是一个神秘的男人，他一直在海贼王的主线剧情中若隐若现。虽然没有露过面，但是在进入新世界后他一直在各大事件的背后若隐若现。
对于贝加庞克来说，他在剧情中有着以下三个较大的疑点。
1.在与熊协商后，将暴君熊改造为世界政府的人形兵器“和平主义者”。
2.熊曾经在香波地岛为了保护草帽海贼团，并让众人各自得到充分的锻炼，将九人分别送往不同的适合自己的岛屿。弗兰奇被送往了贝加庞克的故乡，伟大航路的机关岛——未来王国巴尔基摩。
3.作为海军本部科学家，海军科学部队的存在对他来说有什么意义。
我们来逐条分析一下。
首先来看第一条，这个问题其实是最大的。
在漫画中我们得知，熊是自愿被改造为和平主义者的，这里就很值得推敲了，为什么熊会自愿被改造而失去意识呢？他到底与贝加庞克达成了什么协议呢？
我们其实可以来猜猜看，可以让熊自愿放弃自我意识的利益应该是非常巨大的。对于革命军而言，让熊变身为和平主义者比起身为王下七武海的熊本人来说肯定可以让革命军获得更多的利益，不然这个自愿其实是没有说法的。
而在这里我们可以发现，他们锻炼的两年间，熊一直在守护着万里阳光号，如果贝加庞克只是单纯的海军本部科学家的话，他完全可以不设定这个程序。而且在保护船只时，熊是不分敌我的，也就是说除了草帽海贼团之外的海贼以及海军都会受到攻击。
而这种无差别打击肯定会引起海军军方的重视，甚至有可能将贝加庞克放在一个极度危险的位置，毕竟程序是他设定的，但为什么海军没有对贝加庞克进行调查呢？这个问题我们先留下来，跟第三个疑点一起讨论。
第二个疑点，熊为什么将弗兰奇拍向了敌军科学家的大本营，巴尔基摩呢？
暴君熊能把弗兰奇拍到贝加庞克的故乡机械岛，必定知道那里有贝加庞克早年的绝密武器实验室能让弗兰奇大有长进，而海军却不知道这座实验室的存在，只看守了另一座较小的文化发明实验室，可见贝加庞克向海军隐瞒了很多事情，而且我甚至隐约觉得，熊将弗兰奇拍到巴尔基摩甚至得到了贝加庞克的授意。
第三个疑点，作为海军本部科学家，为什么要设立海军科学部队呢？
这个问题其实很好理解，因为在漫画840话中曾经写到，海军本部逮捕了贝加庞克并且为海军所用。
所以黄猿所率领的海军科学部队其实是用来监视Dr.贝加庞克的，然而贝加庞克为了帮助草帽海贼团所设置的程序之所以没有被海军本部发现并展开调查，我个人认为是因为黄猿很可能已经被贝加庞克用空白的一百年给策反了。毕竟黄猿作为一个大将，几乎所有的时间都用来划水，而不是作为一个海军而战。
而关于时间线上其实是没有BUG的，24年前罗杰自首被处刑，而在短短三年之后，山治出生于北海。这段时间已经足够让贝加庞克组建研究小组并威胁到世界政府了。而且在罗杰被处刑时，主要成员都不在现场，很可能是因为罗杰为他们安排了不同的任务来试图毁掉世界政府。
那么，我为什么推测贝加庞克是曾经罗杰船上的船员呢？首先，海军本部控制贝加庞克的目的并不只限于科技，我觉得更多的是因为他的身份相对特殊。而且我们必须排除革命军这个选项，如果贝加庞克是革命军的话，剧情就太狗血了，最后除了赤犬之外全是叛徒，而且尾田应该不会过度加强革命军实力。
所以我认为贝加庞克属于海军以及革命军之外的第三股势力，思来想去最靠谱的也只有罗杰旧船员了。