中段反导的优点是，由于主要用于在大气层外拦截来袭中远程和洲际弹道导弹，而来袭弹道导弹在大气层外的飞行（中段飞行）时间最长可达20分钟，同时飞行状态也最稳定，最大飞行高度可达2000千米，因此中段反导系统有足够的时间进行拦截，而且拦截空域大，可进行第二次、第三次拦截，以提高拦截效果，达成拦截目的。不过，作为导弹防御作战中最难的一种拦截方式，中段反导的缺点和难点也很明显，主要表现在两个方面：

　　一是探测难度大。由于处于大气层外中段飞行的来袭弹头温度较低（最高仅接近室温，最低接近绝对零度），其中战略弹道导弹所释放长红外波的波长超过10微米，热辐射较弱；战术弹道导弹所释放中红外波的波长约5微米，热辐射也弱，因此目前以红外探测功能为主的预警卫星基本难以探测到这些弹头，而地基预警雷达的作用范围则因无法全球覆盖而存在探测盲区。

　　图注:美国地基中段反导系统组成部分之一的海基X波段雷达

　　二是识别难度大。目前X波段雷达最适于对真假弹头进行识别，但受地球曲率的影响其作用距离有限，最远只有3000千米，无法覆盖全球，而且对于减低信号强度的弹道导弹，其探测距离仅能有2000千米。同时，由于大气层外空气极其稀薄，地基中段反导系统难以区分大量与真弹头伴随飞行的诱饵。

　　末段反导的优点是，已基本解决了真假弹头的识别问题。在末段飞行中，由于诱饵受稠密大气层的过滤，真弹头脱离了诱饵形成的干扰环境，容易被识别出来，反导系统只需按照火控雷达的指示即可实施拦截。不过，末段反导的缺点和难点是，面对高速再入的来袭弹头，末段反导系统的拦截范围很有限，给予反导系统的作战反应时间很短，拦截难度明显更大。另外，来袭弹头的末段机动变轨也会增加反导系统的拦截难度。

　　综上所述，无论是中段反导还是末段反导，都是反导的一种方式之一，各有优缺点，需要综合使用。从理论上讲，越早拦截，对实施拦截一方的安全系数越高，因此，拦截方优先采取的方式的次序依次为助推段拦截、中段拦截和末段拦截。但是由于目前助推段拦截系统面临生存能力差、技术不成熟的问题，国外主要采用后两种拦截方式。