话说男主尼奥原本是个程序员，同时也是一名黑客。一天，不知名的用户通过电脑给他发来信息，让他跟随几个混混前往夜店。在夜店里，一位自称崔尼蒂的女人说他现在正处于危险之中，需要他找到一个名为墨菲斯的人。正当尼奥一头雾水的时候，忽然从梦中惊醒。就在他以为一切都是梦境的时候，墨菲斯竟然打来了电话。
墨菲斯警告尼奥，秘密警察和特工正在追捕他，尼奥只好根据墨菲斯的指示在公司里四处逃窜，躲开警察的追捕。虽然不明白究竟发生了什么，但是他开始意识到自己原本平凡的生活恐怕要一去不复返了。可惜尼奥没能战胜恐惧，他很快就被警察捉拿归案。
尼奥被带到审讯室后，一位自称是史密斯的特工会见了他。并表示他的黑客行为已经触犯了法律，如果他想要赦免罪行，必须与警察合作，找到神秘的墨菲斯。然而就在尼奥准备拒绝之时，奇怪的事情发生了，他口部发生异变，无法说话，特工们则把他按在桌上，把奇怪的机械虫塞入了他的身体里。
就在尼奥即将被这忽如其来的情况吓尿的时候，再一次从梦中惊醒过来。他还没来得及弄清楚发生了什么，就被墨菲斯的一通电话叫到了车上。崔尼蒂使用特殊装置祛除了尼奥体内的虫子，随后带着他去见了墨菲斯，墨菲斯告诉他，之所以这个世界显得不对劲，是因为他一直生活在虚拟世界中，尼奥只是被迫活在其中的奴隶。尼奥起初不能理解墨菲斯的意思，墨菲斯随之给了他两个药丸。红色药丸可以接近真相，而蓝色药丸则重回平凡生活。最终，尼奥选择了真相，吞下红色药丸后，他在墨菲斯的引导下，成功进入了脱离通道。
当尼奥再次恢复意识的时候，自己居然是从一片培养皿中苏醒的，而在他的周围，则是成百上千个培养皿和培养皿中被禁锢的人类。尼奥还没能弄清楚状况，就被冲刷到了下水道中，而从上方落下的机械手则将尼奥带入了一艘飞船里、见到了墨菲斯本人。
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