消防工程师证书注册流程如下：

1. 提出申请：
申请消防工程师证书注册的人员，需要通过聘用单位向本单位所在地的省级或地（市）级公安机关消防机构提交注册申请材料。

2. 受理：
公安机关消防机构收到注册申请材料后，会进行初步审核。如果申请材料齐全、符合法定形式，将出具受理凭证；如果不符合要求，将出具不予受理凭证并说明理由。对于申请材料不齐全或不符合法定形式的，应当场或在五个工作日内一次性告知申请人需要补正的全部内容。如果逾期未告知，自收到申请材料之日起即为受理。地市级公安机关消防机构受理注册申请后，需在三日内将申请材料送至省级公安机关消防机构。

3. 审批：
省级公安机关消防机构自受理之日起二十日内对申请人条件和注册申请材料进行审查，并作出注册决定。如遇特殊情况，在规定期限内无法作出决定的，可经省级公安机关消防机构负责人批准，延长十日，并需将延长期限的理由告知申请人。

4. 发证：
省级公安机关消防机构在作出注册决定之日起十日内，颁发相应级别的注册证、执业印章，并向社会公告。如果决定不予注册，需出具不予注册决定书并说明理由。

在整个注册过程中，请确保按照规定提交完整的申请材料，以便顺利通过审核。如有疑问，请随时向相关部门咨询，他们会为您提供耐心、详细的解答。祝您注册顺利！