大多数尿路结石开始于肾单位集合管与肾盂乳头交界处的间质磷灰石斑 (称为兰德尔斑)。
大多数尿路结石开始于肾单位集合管与肾盂乳头交界处的间质磷灰石斑 (称为兰德尔斑)。这些斑块从尿路上皮下开始，然后逐渐生长，直至突破进入肾盂。一旦持续接触尿液，通常会在磷酸钙巢上形成草酸钙层（所有兰德尔斑块均由磷酸钙组成）。当尿液pH值低于7.2时，往往会形成草酸钙结石，而在碱性更强的尿液中则会形成磷酸钙结石。甲状旁腺功能亢进症和类似的代谢紊乱如肾小管性酸中毒通常会形成主要或主要由磷酸钙组成的结石。过度酸性尿液是尿酸结石（不是高尿酸尿）的主要原因。
大多数肾结石由钙构成，其次是尿素结晶。尿液过饱和是所有肾结石病例的共同点。在某些情况下，草酸钙结石可能会沉积在肾乳头中。磷酸钙结石通常沉淀于亨利氏环薄层基底膜，并可侵蚀入间质。绞痛通常是由于输尿管扩张和痉挛引起的。
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